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广州市第二中学创建于1930年8月，现应元路21号校区曾是清代广州著名的书院学海堂、菊坡精舍、应元书院的所在地，书香浓郁，闻名遐迩。近代岭南的风流人物如：陈澧、朱次琦、梁鼎芬、梁启超等都曾在这块土地上学习过。1871年（清同治十年），在应元书院攻读的顺德举人梁耀枢高中辛未科状元，被传为“应元佳话”——风流人物的辈出，给斯地赋予了神奇与灵秀。
当前，学校已经初步完成跨越式的大发展，正全情书写两区四校“大二中”的历史篇章。两区是指：我校雄跨越秀、萝岗两大行政区。四校是指：广州市第二中学（含科学城水西环路上的高中部校区和应元路21号的初中部校区）、应元路7号的广州市越秀区二中应元学校、科学城内的广州开发区二中苏元实验学校和广州市应元文化培训学校。
广州二中应元路21号校区（至2007年9月以后，为我校初中部所在地）是广州二中的母体，她北倚风光秀丽的越秀山，南临雄伟壮丽的中山纪念堂，毗邻省、市政府。早在1956年，学校就被广州市人民政府评定为广州市重点中学；1994年被评为广东省首批省一级学校。
广州二中科学城校区（2005年9月启用，为我校高中部所在地）地处萝岗区科学城内的水西环路上，倚苏元山（相传唐宋八大家之一的苏东坡曾在此结庐而读，因得名）而建，校区内有天然山水汇聚成湖，是一所以“山水学府，生态校园”为理念构建而成的现代化一流学校。学校占地面积300亩，其建筑布局合理，气势恢弘，设计规模为60个教学班，3000学生，为当时之最。2007年11月，学校在广东省普通高中教学水平评估中达到优秀学校标准，并顺利通过广东省国家级示范性普通高中验收。
在新的历史条件下，学校以邓小平同志的“三个面向”和江泽民同志“三个代表”的重要思想为指导，用科学发展观统领学校工作全局，结合我校的实际情况，全面实施素质教育，为把我校办成在省内乃至国内有高知名度的一流学校而努力奋斗。
在质量立校理念的指导下，我校提出以打造优质师资为基础，以先进的学校文化领航，以高水平的科研护航，结合当前的实际情况，逐渐形成多个领域的教育高地的发展目标。
在新的办学格局面前，学校认真梳理发展史，决定构建以“元”文化为核心的学校精品文化，力求以深厚、先进的学校文化带动学校的持续发展
。学校以培养现代化人才为目标，着眼于人的创新精神、实践能力、健全人格的培养与塑造，教育质量稳定，办学成果显著，形成了具有鲜明特色的“质量、发展、和谐”的办学理念，形成了“合理负担高效益，因材施教高质量”的办学特色——我校的中考与高考的成绩长期处于广州地区的前列，两个毕业年级的工作连续多年荣获广州市一等奖。英语、语文、历史等学科都是公认的品牌学科。从上世纪80年代起，几乎每年都有省内总分或单科状元涌现，社会誉之“历史名校，状元摇篮”。
随着我校科学城高中校区的建成，“二中人”正以“创世纪伟业，铸时代品牌”的情怀，踏上风光无限的新里程！